Contra-indicações e precauções são as condições nas quais as vacinas não devem ser administradas.

A maioria das precauções referem-se a situações temporárias, nas quais a vacinação deve apenas ser adiada.

Contra-indicação é uma condição onde há verdadeiro risco de severo efeito adverso para o receptor e a vacina não deve ser administrada.

A única contra-indicação aplicável a qualquer vacina é a história de reação alérgica grave (anafilaxia) após dose prévia ou após contato com algum componente da vacina (a menos que o indivíduo tenha sido dessensibilizado).

Precaução é uma condição em que o indivíduo se encontra sob risco aumentado para a ocorrência de reação adversa ou que possa comprometer sua habilidade de desenvolvimento da imunidade adequada, naquele momento. Considera-se, então, o adiamento da administração. Entretanto a vacinação ainda pode ser indicada nestas situações, caso o benefício da vacinação se sobreponha aos riscos, sendo necessária cuidadosa avaliação médica. Muitas vezes são inapropriadamente consideradas certas circunstâncias como verdadeiras contra-indicações ou precauções, o que resulta em perda de oportunidade para vacinação, contribuindo para o atraso da vacinação e expondo o indivíduo ao risco de contrair doenças preveníveis pela vacina. Da mesma forma, podemos menosprezar outras condições, aumentando o risco de reação adversa ou resposta imunológica inadequada.